Deux théories s'opposent quant à la nature exacte de XANA :
- Certains pensent que XANA est le nom du supercalculateur lui-même, qui contient le code source de Lyoko et qui permet son existence. Ce supercalculateur est dôté d'une intelligence artificielle, proche voire au-délà de l'intelligence humaine. Cette thérorie prend tout son sens lors des scènes montrant le supercalculateur. Sur la façade de la machine, près de l'interrupteur, on peut en effet voir un symbole représentant l'oeil de XANA, ce qui suggère que XANA est peut-être le nom de la machine. Autre remarque, quand Aelita entre dans une tour, l'oeil de XANA est présent sur les plate-formes, ce qui laisse penser qu'il est peut-être le symbole de Lyoko.
- D'autres pensent que XANA est un virus qui a corrompu le supercalculateur et qui a "boosté" l'intelligence artificielle par le vaste flux de données qu'il a apporté. Cette théorie est appuyée par le fait qu'éteindre le supercalculateur n'a aucun effet sur XANA, ce qui laisse supposer que des programmes internes du système sont corrompus.
Quoi qu'il en soit, XANA projette de détruire notre terre. C'est lui qui contrôle Lyokô, le monde parallèle et virtuel. Pour attaquer la Tere sans se faire remarquer, XANA envoie des virus très sophistiqués qui prennent possession d'un objet ou d'un animal. Il utilise comme porte de lancement l'une des nombreuses tours de Lyokô. Les objets contrôlés par XANA sont alors utilisés pour mettre la Terre sous son contrôle. La seule solution pour arrêter l'effet du virus est de désactiver la tour que XANA a utilisé (tour activée). Seule Aelita, jeune humanoïde virtuelle sur Lyokô, est capable de le faire. Pour se défendre, XANA a créé des monstres sur les quatre territoires de Lyokô qui ont pour mission de "dévirtualiser" Aelita et de la faire disparaître pour toujours. Odd, Yumi, Jérémie et Ulrich essaient de déjouer les plans de XANA à chaque nouvelle attaque tout en protégeant leur amie Aelita !
Cette mystérieuse intelligence artificielle qui pourrit la vie de nos héros est presque toujours sur le pied de guerre. Elle dispose d'un pouvoir extraordinaire qui lui permet de prendre le contrôle d'objets dans le monde matériel, toujours pour causer le plus de dégâts possibles (il paraît que dans la saison 2 ce pouvoir devient encore plus terrifiant... aïe aïe aïe ^^). Sur le monde virtuel elle envoie ses agents, des créatures artificielles qui varient en fonction des circonstances : ce sont les Krabes, les Mégatanks, les Blocks, les Frôlions ou encore les Kankrelats. Son but semble être de détruire les humains, mais bizarrement elle agit toujours de la même façon, un peu comme si elle ne voulait pas vraiment gagner... En fait, on peut vraiment se demander quel est son véritable objectif...
XANA est un ordinateur quantique, ce qui pose un autre problème : XANA a la capacité de gagner sans cesse en puissance... Dans l'épisode Un grand jour, Jérémie constate que ceci est sûrement lié aux retours dans le passé, qui accroissent sa base de calcul. A présent, nos héros évitent donc autant que possible les retours dans le passé, pour essayer de garder sous contrôle la puissance du supercalculateur. Par conséquent, ils doivent faire particulièrement attention à ne pas trop modifier notre espace-temps, ce qui a été plus difficile dans les épisodes "Contagion" et "Ultimatum". Mais même sans les retours dans le passé, XANA semble devenir plus fort après chaque attaque.
